En 1994, Jerry Yang y David Filo eran estudiantes de postgrado de la Universidad de Stanford, en una oficina montada en el interior de una casa rodante ubicada en el predio de la Universidad de Stanford Filo descubrió la existencia del navegador Mosaic y él y Yang se engancharon inmediatamente con el. Para llevar el registro de todas las páginas que visitaban los fueron organizando por temas y luego lo publicaron en la Web.Los primeros nombres que recibió su proyecto fueron "Vía rápida de Jerry a Mosaic", "Guía de Jerry Yang a la WWW" y "Guía de Jerry y Dave a la Word Wide Web".Yang y Filo reemplazaron todas ellas con algo más adecuado para su directorio: Yahoo.
Existen varias versiones sobre el nombre Yahoo!, la versión original que circula en la sede oficial de Yahoo! en Sunnyvale, California es que proviene del nombre de unos personajes del libro Los viajes de Gulliver de Jonathan Swift, los Yahoos. La historia cuenta que en casa de David Filo, Co-fundador de Yahoo!, el padre de éste llamaba a David y a Jerry "un par de Yahoos" por su naturaleza inquieta y éstos deciden usar el nombre Yahoo! para su portal.
El tráfico de Yahoo!, sobrepasó las 100,000 visitas por día para finales de 1994. Yang y Filo podrían afirmar que estaban logrando más actividad en la Web que cualquier otra persona en el mundo y sin publicidad. Un año después, las visitas diarias a la página Web de Yahoo!, alcanzaron a un millón.
En 1995 Sequioia, empresa de capital de riesgo invirtió en Yahoo! un millón de dólares por el 25% de participación y el 2 de marzo de 1995 Yahoo! se constituyó como empresa, en mayo de ese mismo año se mudaron del campus de Stanford a una oficina en Silicon Valley y nombraron a Tim Koogle, Presidente y CEO de la naciente compañía.
El 12 de Abril de 1996 Yahoo! Comenzó a cotizar en el mercado de valores de Nueva York en el índice NASDAQ, vendiendo 2.6 millones de acciones bajo el simbolo YHOO, a trece meses de convertirse en un negocio, Yahoo!, tenía una capitalización de mercado de $849 millones.
Ya en 1997 las acciones de Yahoo! subieron un 511 por ciento, al año siguiente, otro 584 por ciento. Lo que se vendió en $13 en el día de la emisión inicial de acciones se convirtió en $1.335 en enero de 1999. Si uno tuvo la oportunidad de invertir $9738 en acciones ese día de Abril de 1996, tendría $1 millón tres años después.
Entre los servicios que Yahoo! ofrece a sus usuarios están Yahoo! Correo, Yahoo! Messenger, Yahoo! Group, Yahoo! Juegos, Yahoo! Compras, Yahoo! Subastas, etc. Yahoo! ha expandido globalmente con 13 sitios mundiales de Yahoo!, los que incluyen el Reino Unido, Francia, Alemania, Suecia, Noruega, Dinamarca, Italia, Korea, Singapur, Japón, Australia/Nueva Zelanda, Canada, China y Yahoo! En español.
Para el producto Yahoo! en Español, Yahoo! tiene una oficina en Miami, que también es la cabeza de Yahoo! México, Argentina y Brasil. Esta oficina se conoce como el corporativo de Yahoo! Latinoamerica.
Yahoo! ha empezado a hacer contratos estratégicos con empresas de telecomunicaciones y búsqueda local a nivel mundial, tales como British Telecom en el Reino Unido, Rogers Communications en Canadá, Ideas Interactivas (Yahoo! Páginas Útiles) en México y SBC Communications en Canadá.
Con el objeto de incrementar su liderato en búsqueda de páginas web (su principal reclamo) Yahoo! ha hecho adquisiciones como la de Inktomi en Diciembre de 2002 y Overture en Julio de 2003 (junto con sus filiales Altavista, AllTheWeb), y ha llevado a cabo una alianza en México con una empresa llamada Ideas Interactivas para lanzar un directorio telefónico impreso bajo la marca Yahoo! Páginas Útiles, rompiendo moldes y complementando su estrategia de búsqueda local en el mundo físico; esto le permite competir con Google y la nueva función de búsqueda de MSN.
Hoy en día Yahoo! opera en mas de 70 países en los cuales son respetados los diseños de página Web que dieron tantos resultados al dúo dinámico.
El 1 de febrero del 2008, Microsoft hizo una oferta para comprar Yahoo! por US$44.6 millones, oferta que después sería rechazada por la compañía argumentando que la cantidad resta valor a la empresa.
